Un jour, des cartes ont commencé à tomber du ciel et elles ont été ramassées par les enfants du monde entier. Ces cartes présentaient différents personnages, différents environnements et différents pouvoirs. Les enfants ont alors inventé un jeu de bataille populaire, mais ils ne savaient pas que ces cartes correspondaient en réalité à un monde alternatif appelé Vestroia. Les enfants du monde entier jouaient avec ces cartes lorsque 6 enfants sont sortis du lot : Dan, Marucho, Runo, Shun, Julie et Alice. Ils ont appelé les monstres des « Bakugan » et leur groupe « L'Équipe d'élite Bakugan ».
01L'histoire commence avec un jeune garçon nommé Dan qui n'a jamais perdu un match de Bakugan. Lors d'un match contre un tyran, Dan a une vision de deux Bakugan se bagarrant. Y a-t-il plus dans le jeu que ce que pensent les joueurs ?
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02Un mystérieux joueur de Bakugan nommé Masquerade, classé n°1 sur la liste des joueurs de Bakugan, vole le Bakugan aux joueurs du monde entier. Dan lance un défi ouvert à Masquerade et perd deux de ses Bakugan au profit de ce mystérieux joueur, grâce à une Doom Card, qui fait disparaître à jamais un Bakugan. Dan a la chance de ne pas perdre Drago, mais il pourrait le faire s'il perd à nouveau contre Masquerade.
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03Masquerade fait équipe avec un joueur de Rikimaru, en lui offrant un Bakugan très spécial. Lorsque Rikimaru et Dan se battent, Drago finit par utiliser un mouvement dangereux pour se sauver et gagner la bataille. Dan se met en colère et jette Drago dans une rivière, maudissant le jour de leur rencontre.
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04Dan a du mal à s'adapter à la vie sans Drago. Il finit par faire tomber son ordinateur par un camarade de classe nommé Ryo et s'enfuir, blessant les sentiments de Ryo. Masquerade profite des sentiments blessés de Ryo et Ryo bat Dan dans une bataille. Dan trouve Drago et essaie de se réconcilier avec Ryo.
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05Dan et Runo se rencontrent pour la première fois, en dehors du site Bakugan, et se rendent compte qu'ils vivent dans la même ville. Dan laisse tomber son BakuPod et Runo le récupère, remarquant que Dan a combattu Masquerade. Elle va à sa place, mais finit par se battre contre un garçon nommé Tatsuya.
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06Dans un parc d'attractions, Dan et Runo sont invités sur scène pour assister à un numéro de magicien de deux frères. Dan choisit une carte et se rend compte que c'est une carte Doom. Les frères travaillent pour Masquerade, et Dan et Runo se retrouvent impliqués dans une bataille.
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07Marucho révèle qu'il a secrètement déménagé dans le quartier de Dan et organise une fête de bienvenue élaborée. Masquerade fait une offre commerciale avec le célèbre duo de groupes pop, Jenny and Jewels. Le duo organise la fête de bienvenue et défie les Battle Brawlers.
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08Dan et Marucho se battent contre le duo pop star Jenny & Jewels. Après une victoire serrée, Drago raconte aux bagarreurs comment les Bakugan sont arrivés sur Terre et comment un humain est entré dans le monde Bakugan de Vestroia.
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09Masquerade manipule deux garçons, Kosuke et Takashi, pour qu'ils utilisent ses cartes Doom contre les Bakugan Battle Brawlers. Il promet qu'il réunira leur amie Ai avec son frère s'ils l'aident. Voulant aider leur amie, ils mordent à l'hameçon et tombent bientôt sur Runo et Marucho, qui sont à l'aéroport pour récupérer leur amie du site Web, Alice. Heureusement, Alice maîtrise les subtilités des combats combinés et entraîne ses amis vers la victoire. Alice a cependant un secret qui pourrait bien ruiner son amitié avec les Brawlers.
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10Julie et son ami d'enfance, Billy, s'affrontent en tête-à-tête dans une bataille de Bakugan. Bien que Julie soit vaincue par Billy, elle est impressionnée par ses compétences et son Bakugan, « Cycloïde ». Ils forment une excellente équipe et Julie souhaite pouvoir se lier d'amitié avec un Bakugan qui parle. Plus tard, quand Julie avoue à quel point elle se sent seule, le Bakugan Gorem apparaît. Les deux semblent être destinés l'un à l'autre.
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11Marucho et Runo se rendent compte que les pouvoirs combinés des Bakugan Brawlers ne suffisent pas pour vaincre Masquerade. À l'insu de Dan, ils rendent visite à Shun pour essayer de le convaincre de les rejoindre. Le grand-père de Shun essaie de les faire partir, mais Shun conclut un accord. S'ils gagnent, il les rejoint. S'ils perdent, il s'en ira.
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12Alice se rend compte qu'elle a peut-être un lien avec le mystérieux Hal-G, mais n'a pas le courage de le dire aux autres bagarreurs. Pendant ce temps, Dan se souvient de la dernière bataille qu'il a eue avec Shun. La mère de Shun donne à Shun un Bakugan, "Skyress", pour veiller sur lui.
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13Masquerade a détruit les Bakugans des enfants du monde entier, et les Brawlers doivent y mettre un terme. À contrecœur, Dan accompagne Runo et Marucho chez Shun pour le recruter un autre, mais découvrez qu'il rejoint Masquerade ! Dan accepte le défi du combat et, avec Drago, se bat contre Shun et Masquerade.
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14Attirés par une invitation à célébrer leur classement de classe mondiale, cinq des dix meilleurs joueurs de Bakugan se réunissent dans un mystérieux manoir. Là, ils rencontrent Masquerade et le maléfique Bakugan "Naga". Ils sont soumis à un sort pour éliminer Dan et les autres Battle Brawlers du tableau. Pendant ce temps, Alice avoue qu'elle pense que son grand-père Michael est responsable de la destruction de Vestroia. Ils décident de jeter un œil dans le laboratoire de Michael pour trouver des preuves de ce qui lui est arrivé.
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15Les Brawlers rencontrent enfin Julie de près et personnellement, mais l'ambiance passe de la joie à la tristesse lorsqu'ils voient ce qui se passe à Vestroia. Julie et Shun se battent avec Billy, l'ami de Julie, le 9ème joueur de Bakugan, et son voisin Komba, le 5ème joueur de Bakugan, sachant qu'ils ont été trompés par Masquerade pour éliminer Dan et le reste des bagarreurs.
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16Julie est toujours bouleversée par la trahison de Billy, mais essaie de mettre cela derrière elle pour pouvoir soutenir les autres bagarreurs. Pendant ce temps, Shun leur parle d'une vallée similaire à la vallée de Bakugan. Tout le monde s'y rend, mais en chemin, il est révélé que Shun a menti sur la similitude, et c'était un stratagème pour essayer de comprendre pourquoi Masquerade sait toujours où ils se trouvent à tout moment. Il leur dit qu'il doit y avoir quelqu'un qui les espionne. Dans la vallée, le 3ème meilleur bagarreur Chan Lee apparaît et défie Dan dans une bagarre.
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17Les Brawlers ont du mal à trouver l'Infinity Core. Lorsqu’ils apprennent que leur position pourrait être diffusée, ils coupent leur signal.
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18Lorsque Marucho perd son Bakugan au profit de Klaus, lui et Runo se lancent à sa poursuite et se retrouvent dans le château de Masquerade !
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19Après une dispute entre les Brawlers, ils se séparent tous. Julie décide de poursuivre son ami Billy et d'essayer de le sauver des mauvaises voies de Masquerade.
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20Lorsque Shun quitte le groupe, Alice le poursuit. Pendant ce temps, Dan va affronter Masquerade seul.
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21Klaus, Chan-Lee et Julio reviennent pour achever les bagarreurs. Dan, Runo et Marucho les affrontent, mais que se passera-t-il lorsque Klaus utilisera le Bakugan volé de Marucho ?
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22Les Brawlers ont été repoussés, mais le retour de Preyas et l'évolution de Drago suffiront-ils à les mener à la victoire ?
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23Apprenant que le webmaster Joe est à l'hôpital, Dan et les autres s'y rendent. Cependant, alors qu'il se dirige vers la chambre de Joe, Drago se perd.
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24Alice aide un petit garçon à vaincre son plus grand rival.
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25Des tensions se forment entre le groupe de Brawlers lorsqu'on pense que l'un d'eux est un agent double.
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26Les Brawlers affrontent Masquerade dans une bataille finale.
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27Les Battle Brawlers apprennent par l'intermédiaire du webmaster Joe (qui était en voyage avec sa mère) que Masqerade a vaincu les meilleurs joueurs de Bakugan au monde, alors ils essaient de trouver une stratégie pour le battre. La stratégie semble se retourner contre lui lorsque Masquerade visite la maison de Dan et lui fait accepter une bataille. Maintenant, le Drago évolué et l'Hydranoid évolué s'affronteront avec le perdant obtenant un aller simple vers la Dimension Doom, qui se révèle plus tard être pleine de Bakugan transformé en pierre.
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28Les Brawlers pleurent la perte de Dan et Drago. Pendant ce temps, Shun relève un défi de Masquerade et décide de rejoindre Dan dans la dimension Doom. Lorsque Skyress apprend ce plan, elle essaie de rassembler les autres Bakugan et de sauver Vestroia sans mettre leurs partenaires humains en danger. Bientôt, les autres bagarreurs comprennent son plan et décident de le rejoindre, mais Runo fait d'abord une promesse à la mère de Dan : il est en sécurité et sera bientôt à la maison.
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29Dans la Dimension Doom, les anciens guerriers légendaires de Vestroia se préparent à tester les pouvoirs des bagarreurs, pour voir s'ils sont assez dignes pour sauver Vestroia. Les bagarreurs sont séparés et Julie se retrouve avec Gorem pour affronter le guerrier Subterra, Clayf, et l'ombre de sa sœur parfaite, Daisy. Avec l'aide de Gorem, Julie apprend qu'elle n'est pas sa sœur et qu'elle ne peut faire que de son mieux. Pour cette raison, Gorem évolue vers Subterra Hammer Gorem et bat Clayf.
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30Marucho doit combattre le guerrier élémentaire Aquos, Frosch, et il est obligé d'envoyer Preyus tôt lorsqu'il apprend qu'il combat l'ombre de lui-même. Preyus ne se sent pas bien tout au long de la bataille, mais il est capable de guider Marucho pour qu'il accepte son passé. Marucho savait qu'il ne faisait que ce que ses parents lui disaient pour les rendre heureux, mais il n'aimait pas être toujours aussi obéissant. Cela amène Marucho à détester son ancien moi. En acceptant le passé, Marucho a pu aider le problème de digestion de Preyus. Cela permet à Preyus d'évoluer en crachant ses frères : Aquos Angelo/Aquos Diablo Preyus. La force combinée de ces frères s’avérera-t-elle suffisante pour vaincre l’Aquos Warrior ?
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31Shun est coincé avec la femme Ventus Lord, Oberus, qui a convoqué un enfant qui ressemble à la mère de Shun pour se battre. L'enfant convainc Shun de jouer avec elle pendant que le soleil se couche encore, ce qu'il ne fait jamais. Shun doit également se battre lorsqu'il est obligé de choisir entre retourner ou rester dans ce monde avec sa mère. Dans la bataille contre Oberus, Shun pense qu'il n'a pas besoin de ses amis. Sa croyance fait mourir Skyress après un grand impact avec Oberus. Lorsque Shun se rend compte de son erreur, une larme tombe sur la carte de capacité de Skyress, la changeant et faisant revivre miraculeusement Skyress, qui a évolué en Storm Skyress. En fin de compte, lorsque Shun choisit de retourner dans son monde, Skyress évolue vers Ventus Storm Skyress.
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32Runo et Tigrerra doivent combattre un jeune garçon du passé de Runo (une version plus petite de Dan) invoqué par le seigneur Haos, Lars Lion. Le test consiste pour Runo à réaliser à quel point elle chérit vraiment son amitié et son amour ainsi que ceux de Dan. Lorsque Tigrerra est frappée par les flèches de lumière perçantes de Lars Lion, Runo réalise l'amitié/l'amour qu'elle chérit et dit "Nous sommes amis pour toujours, Dan !" dans le doublage anglais, alors qu'elle dit "Je t'aime Dan!" dans la version japonaise. Lorsque Runo s'en rend compte, Tigrerra évolue en Haos Blade Tigrerra.
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33Dan doit combattre le Seigneur Pyrus, Apollonier, pour que lui et ses amis retournent dans leur monde. Lui et Drago découvrent bientôt qu'ils combattent un clown. Dan parvient à gagner la bataille, mais Drago n'évolue pas. Lorsque Dan arrache le masque du clown, il s'avère que c'est Runo. Pour que Drago évolue et que Dan réussisse son test, il doit se battre et gagner contre chacun des bagarreurs.
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34Joe est déterminé à découvrir où sont allés ses amis, alors il défie Masquerade dans une bataille. Au début, Joe semble surpassé, mais Wyvern revient pour aider Joe. Les Brawlers reviennent également et Masquerade se rend compte que son combat ne fait que commencer. Dan explique tout sur le Bakugan à sa mère, qui le croit et demande à Drago de prendre soin de lui. Naga se révèle comme l'un des Bakugan les plus dangereux au monde.
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35Dan dit à Shun, Julie et Marucho qu'il n'a pas encore réussi le test dans la dimension Doom et que la seule façon de faire évoluer Drago, il doit vaincre ses amis un par un. Julie combat d'abord Dan et Dan gagne. Ensuite, il combat Marucho et gagne à nouveau. Shun dit qu'il affrontera Dan le lendemain matin. Masquerade est dans la dimension Doom et est sur le point de commencer une bataille avec Alice.
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36Le dernier test de Dan consiste à battre ses amis pour que son Dragonoid puisse évoluer au niveau suivant et devenir l'Ultimate Bakugan. Dan combat Runo et Shun pendant que Masquerade va voir le Seigneur Darkus, Exeedra, et il finit par combattre Alice comme un mirage.
Lecteur français en attenteUn jour, des cartes ont commencé à tomber du ciel et elles ont été ramassées par les enfants du monde entier. Ces cartes présentaient différents personnages, différents environnements et différents pouvoirs. Les enfants ont alors inventé un jeu de bataille populaire, mais ils ne savaient pas que ces cartes correspondaient en réalité à un monde alternatif appelé Vestroia. Les enfants du monde entier jouaient avec ces cartes lorsque 6 enfants sont sortis du lot : Dan, Marucho, Runo, Shun, Julie et Alice. Ils ont appelé les monstres des « Bakugan » et leur groupe « L'Équipe d'élite Bakugan ».
Avec Yu Kobayashi, Keiji Fujiwara, 広橋涼, 鈴木千尋, 鈴鹿千春, 斧アツシ, 宮下栄治, Hiroki Yasumoto.